По состоянию на 8 июня 2009 г. отметка верхнего бьефа Чиркейской ГЭС составила 331,26, отметка нижнего бьефа – 157-158, расход воды через ГЭС составляет 164 куб. м/с.
Для удовлетворения нужд всех водопользователей согласно графику распределения воды из реки Сулак по магистральным каналам, утвержденному Министерством мелиорации и водного хозяйства РД планируется увеличение попусков воды с Чиркейской ГЭС в нижний бьеф до 185 куб. м/с.
Режимы наполнения и сработки водохранилищ, пропуск паводков на ГЭС Дагестанского филиала контролирует Управление Западно-Каспийского бассейно-водного управления федерального агентства водных ресурсов России по Дагестану, Министерство мелиорации и водного хозяйства РД, ГУП «Дагводоканал», Филиал ОАО «СО ЕЭС» - «Дагестанское РДУ».
Решение о режимах работы гидроузлов принимают Дагестанский филиал «РусГидро» и Дагестанское РДУ, руководствуясь критериями безопасности гидротехнических сооружений, нуждами водопользователей и необходимостью наполнения Чиркейского водохранилища к осенне-зимнему сезону.
По прогнозу Дагестанского республиканского центра по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды объем половодья в июне составит 1,166 млрд. куб. м. Из них 460 млн. куб. м требуется на наполнение водохранилища Чиркейской ГЭС.
Гидротехнические сооружения, основное и вспомогательное оборудование ГЭС работает исправно. Ежесуточно гидроэлектростанции Дагестанского филиала ОАО «РусГидро» вырабатывают 10 млн. кВт/ч электроэнергии.